Την επέμβαση εισαγγελέα για τα ΚΤΕΛ Κεφαλλονιάς προκάλεσαν τέσσερις καταγγελίες. Οι καταγγελίες έγιναν από τρεις μετόχους των ΚΤΕΛ Κεφαλονιάς που κατηγορούν μέλη της διοίκησης της εταιρείας για σωρεία παρανομιών.

Συγκεκριμένα οι καταγγελίες αφορούν σε μη απόδοση αποθεματικών ως όφειλαν από τον νόμο, την παράνομη επιμήκυνση των χιλιομετρικών αποστάσεων εκ μέρους συγκεκριμένων οδηγών, την εκμίσθωση του κυλικείου των ΚΤΕΛ με αδιαφανείς διαδικασίες και, τέλος, παραβίαση της εργατικής νομοθεσίας και παράνομο καταλογισμό υπερωριών σε εργαζόμενους που πρόσκεινται στη διοίκηση.

Για την πρώτη καταγγελία έχει ήδη ασκηθεί ποινική δίωξη σε βαθμό κακουργήματος σε ορισμένα από τα μέλη της διοίκησης των ΚΤΕΛ αλλά και στον λογιστή της εταιρείας, για τα αδικήματα της απιστίας και της υπεξαίρεσης αντικειμένου μεγάλης αξίας. Τα συγκεκριμένα στελέχη κατηγορούνται για την υπεξαίρεση φερόμενου ελλείμματος
 650.000 ευρώ που έπρεπε να κατατεθούν σε ειδικό λογαριασμό βάσει διατάξεων του υπουργείου Οικονομικών, στο οποίο τα ΚΤΕΛ υποχρεούνται ετησίως να καταβάλλουν ποσοστό 5% από τα έσοδά τους.

Σύμφωνα με το ρεπορτάζ της Εφημερίδας των Συντακτών, η δεύτερη καταγγελία που βρίσκεται υπό διερεύνηση αφορά τη διοίκηση του οργανισμού, και αναφέρει ότι τα στελέχη της κανόνιζε για οδηγούς του περιβάλλοντός της δρομολόγια εντός του νησιού, χρησιμοποιώντας διαφορετικές χιλιομετρικές αποστάσεις και όρους βατότητας απ’ ό,τι όριζε ο νόμος, με αποτέλεσμα να ζημιώνονται οι επιβάτες αλλά και το κράτος.

Αναφορικά τέλος με το κυλικείο, οι καταγγελίες αναφέρουν ότι παρανόμως έχει δοθεί προς εκμετάλλευση σε συγγενή ενός απ’ τους μετόχους της εταιρείας, παρά το γεγονός ότι το καταστατικό προβλέπει πως οφείλει να το δουλεύει κάποιος εκ των μετόχων.