Είτε βρίσκονται στη χριστιανική Δύση είτε στη μουσουλμανική Μέση Ανατολή, οι αθεϊστές υφίστανται διακρίσεις και διώξεις, όπως εκτελέσεις, φυλακίσεις, ανακλήσεις υπηκοότητας, παρεμπόδιση της πρόσβασής τους σε εκπαίδευση και υγεία.
 

Μια νέα 69σέλιδη έκθεση της οργάνωσης International Humanist and Ethical Union (IHEU), με τίτλο «Ελευθερία της Σκέψης 2012: Παγκόσμια έκθεση για τις διακρίσεις σε βάρος ανθρωπιστών, αθεϊστών και άθρησκων», εστιάζει στους νόμους 60 χωρών που επηρεάζουν την ελευθερία της συνείδησης και καταγράφει μια σειρά περιστατικών δίωξης άθεων για τις πεποιθήσεις τους.
 
Στην έκθεση γίνεται ειδική αναφορά σε νόμους που αρνούνται στους άθεους «το δικαίωμα ύπαρξης, περιορίζουν την ελευθερία της άποψής τους και της έκφρασής τους, ανακαλούν το δικαίωμά τους στην υπηκοότητα και παρεμποδίζουν το δικαίωμά τους στο γάμο».
 
Άλλη νόμοι προβλέπουν την παρεμπόδιση της πρόσβασης στη δημόσια εκπαίδευση, την απαγόρευση να κατέχουν δημόσιο αξίωμα ή να εργάζονται για το κράτος, την ποινικοποίηση της κριτικής που ασκούν στη θρησκεία και την εκτέλεσή τους για εγκατάλειψη της θρησκείας των γονιών τους.
 
Σύμφωνα με την έκθεση, οι άθεοι σε ισλαμικές χώρες, όπως το Αφγανιστάν, το Ιράν και το Πακιστάν, αντιμετωπίζουν τις χειρότερες διακρίσεις, ακόμη και θανατική ποινή. Στην έκθεση δεν υπάρχει κάποιος κατάλογος με πρόσφατες εκτελέσεις, αναφέρεται πάντως ότι συχνά – στο Αφγανιστάν για παράδειγμα – η θανατική ποινή μετατρέπεται σε ισόβια κάθειρξη,
 
Νόμοι περί βλασφημίας σε χώρες όπως το Μπαγκλαντές, η Αίγυπτος και η Ινδονησία απαγορεύουν αυστηρά τη δημοσίευση των απόψεων των αθεϊστών. Στις περισσότερες από αυτές τις χώρες απαιτείται οι πολίτες να καταγραφούν ως πιστοί μιας επίσημα αναγνωρισμένης θρησκείας – συνήθως χριστιανισμός, ιουδαϊσμός και ισλάμ. Σε πολίτες που δεν έχουν προχωρήσει στη δήλωση αυτή, δεν επιτρέπεται η πρόσβαση σε ιατρικές υπηρεσίες, η οδήγηση, η πανεπιστημιακή εκπαίδευση και τα ταξίδια στο εξωτερικό. Το αποτέλεσμα είναι οι πολίτες να αναγκάζονται, ακόμη κι αν δεν πιστεύουν σε κάποια θρησκεία, να λένε ψέματα.

 
Η έκθεση υπογραμμίζει επίσης το γεγονός ότι οι αθεϊστές και οι άθρησκοι υφίστανται διακρίσεις ακόμη και στη βόρεια Αμερική και σε ευρωπαϊκές χώρες. Στις ΗΠΑ, «οι αθεϊστές και οι άθρησκοι αντιμετωπίζονται ως λιγότεροι Αμερικανοί ή ακόμη και μη Αμερικανοί», γράφει η έκθεση. Και σε τουλάχιστον επτά αμερικανικές πολιτείες «συνταγματικές προβλέψεις μπορούν να εμποδίσουν τους αθεϊστές από την κατοχή δημόσιου αξιώματος. Επίσης, μία τουλάχιστον πολιτεία, το Άρκανσας, διαθέτει νόμο που απαγορεύει σε αθεϊστή να καταθέσει ως μάρτυρας σε δικαστήριο».
 
Άλλα περιστατικά διακρίσεων αποτελεί το γεγονός ότι Αμερικανοί στρατιώτες αναγκάστηκαν να παραβρεθούν σε θρησκευτική τελετή Ευαγγελιστών και ότι κέντρο κράτησης στη Νότια Καρολίνα αρνήθηκε στους κρατούμενους το δικαίωμα να διαβάσουν ο,τιδήποτε άλλο εκτός από τη Βίβλο.
 
Στην επαρχία του Καναδά, Οντάριο, το κράτος ενισχύει μόνο την καθολική εκπαίδευση, μη χρηματοδοτώντας κανένα άλλο θρησκευτικό σχολείο. «Το 1/3 των δημόσιων σχολείων του Οντάριο είναι καθολικά σχολεία, τα οποία μπορούν να αποκλείουν μη καθολικούς μαθητές και προσωπικό», αναφέρει η έκθεση.
 
Στην Ελβετία, ένας καθηγητής απολύθηκε το 2010 διότι εξέφρασε ανησυχίες για την προώθηση του καθολικισμού από το κράτος στα δημόσια σχολεία. Σύμφωνα με την IHEU, «του είπαν ότι απολύεται επειδή αφαίρεσε το σταυρό από την αίθουσα διδασκαλίας του δημόσιου σχολείου».
 
Στην Πολωνή μουσικό Dorota Rabczewska επιβλήθηκε πρόστιμο 1.450 δολαρίων επειδή δήλωσε σε συνέντευξή της το 2012 ότι η Βίβλος είναι γεμάτη «απίστευτα παραμύθια».
 
Ο Ιταλός υπουργός Εξωτερικών Φράνκο Φρατίνι κάλεσε το 2010 «τους μουσουλμάνους, τους εβραίους και τους χριστιανούς να ενωθούν για να αντιμετωπίσουν τον αθεϊσμό που απειλεί την κοινωνία».
 
Ο ειδικός εισηγητής του ΟΗΕ για την ελευθερία της θρησκείας ή των πεποιθήσεων, Heiner Bielefedt, καλωσόρισε την έκθεση της IHEU και εξέφρασε την ανησυχία του για την έλλειψη επαγρύπνησης που απαιτεί η προστασία των ανθρωπίνων δικαιωμάτων τόσο των αθεϊστών και των άθρησκων όσο και άλλων ομάδων.