Την πρώτη τους διαφωνία είχαν τα κόμματα του κυβερνητικού συνασπισμού με τους ΑΝΕΛ να καταψηφίζουν την τροπολογία για την ανέγερση ισλαμικού τεμένους στον Βοτανικό και εκείνη που απαλλάσσει από την υποχρέωση προσκόμισης ασφαλιστικής και φορολογικής ενημερότητας το Μέγαρο Μουσικής προκειμένου να διευκολυνθεί η λειτουργία του. Τις τροπολογίες καταψήφισε πέραν των ΑΝΕΛ και η Χρυσή Αυγή.

Την αντίθεση τους στην ανέγερση τζαμιού στον Βοτανικό δήλωσαν κι εμπράκτως οι ΑΝΕΛ, με την Σταυρούλα Ξουλίδου κατά τη συζήτηση της τροπολογίας που εντάχθηκε στο νομοσχέδιο για την Παιδεία, να ζητάει από την κυβέρνηση να την αποσύρει χαρακτηρίζοντας την «απαράδεκτη» και «προκλητική».

Η υπεύθυνη τομέα Παιδείας των ΑΝΕΛ υποστήριξε πως «η τροπολογία δεν σχετίζεται με το περιεχόμενο του νομοσχέδιου και είναι άκαιρη καθώς δεν έχει κατεπείγοντα χαρακτήρα» ενώ υποστήριξε επίσης ότι «η διάταξη είναι αντισυνταγματικη, καθώς η χρηματοδότηση ή η απαλλοτρίωση δημόσιας γης πρέπει να γίνεται για έργα κοινής ωφελείας και το συγκεκριμένο έργο δεν είναι κοινής ωφελείας».

Συνεχίζοντας η Σταυρούλα Ξουλίδου είπε: «Απαράδεκτη και προκλητική η τροπολογία. Θα είναι απαράδεκτο αν η σημερινή κυβέρνηση μετά από 9 χρόνια δώσει το δωράκι της κατασκευής στους Μπόμπολα, Λάτση κλπ μεγαλοκατασκευαστές», για να προσθέσει πως «η Ελλάδα επείγεται για επενδύσεις στην παιδεία και την έρευνα Ας μην βυθιστούμε στην κινδυνολογία της κρίσης και τις κόκκινες γραμμές  των θεσμών».