Η συμφωνία – ή άλλως ο ιστορικός συμβιβασμός – Τσίπρα και Ιερώνυμου στηρίχθηκε σε μια κοινή παραδοχή: Ότι η μεταφορά της μισθοδοσίας των κληρικών στην Εκκλησία με παράλληλη επιδότηση από τα δημόσια ταμεία γίνεται στην βάση της αρχής της «αποζημίωσης» – ήτοι, στην αποδοχή ότι το Κράτος εξακολουθεί να έχει οφειλές έναντι της Εκκλησίας για τις παραχωρήσεις και απαλλοτριώσεις περιουσιακών της στοιχείων.

Πρόκειται για μια αρχή επί χρόνια αμφισβητούμενη και από χθες, με την ανακοίνωση του πλαισίου της συμφωνίας των δύο πλευρών, η σχετική συζήτηση ξανάνοιξε με ένταση τόσο εξ αριστερών, όσο και εκ δεξιών.

Απόλυτη και τεκμηριωμένη αλήθεια, τόσο ως προς το πραγματικό ύψος της εκκλησιαστικής περιουσίας όσο και ως προς την αξία της, δεν υπάρχει. Το ιστορικό νήμα όμως, σε ό,τι έχει να κάνει με την διασύνδεση της μισθοδοσίας των κληρικών με την εκκλησιαστική περιουσία οδηγεί δύο αιώνες πίσω, στις διακηρύξεις των Επαναστατικών Εθνοσυνελεύσεων των Αντιπροσώπων του Ελληνικού Λαού, του 1822 και του 1829.

Τόσο αυτή η υποχρέωση του ελληνικού κράτους ωστόσο έναντι των ιερέων , όσο και το πνεύμα των διακηρύξεων των Εθνοσυνελεύσεων έχουν αμφισβητηθεί και ως προς την ερμηνεία και ως προς τον δεσμευτικό χαρακτήρα τους. Στην πραγματικότητα, στο ΙΑ΄ Ψήφισμα της Δ΄ Εθνοσυνέλευσης (1829), ορίζεται ότι το Κράτος θα αναλάβει την εκκλησιαστική περιουσία, και από τα έσοδα αυτής της περιουσίας θα διατίθενται ποσά «εις βελτίωσιν του Ιερατείου» και για την εκπαίδευση των νέων. Αυτή η διατύπωση «εις βελτίωσιν του Ιερατείου», το οποίο τότε ήταν άμισθο, αποτέλεσε και την βάση για την ανάληψη της μισθοδοσίας των κληρικών από το Κράτος μετά την παραχώρηση της εκκλησιαστικής περιουσίας.

Η παραχώρηση αυτή πραγματοποιήθηκε σταδιακά, είτε μέσω συμφωνιών και συμψηφισμών, είτε μέσω απαλλοτριώσεων. Συγκεκριμένα, από το 1834 έως το 1930 υπήρξαν αλλεπάλληλες αποφάσεις, με βάση τις οποίες δημιουργήθηκαν δημόσιοι οργανισμοί εκμετάλλευσης εκκλησιαστικής περιουσίας για την στήριξη της δημόσιας Παιδείας και τη βελτίωση της κατάστασης του Κλήρου, ενώ μετά την μικρασιατική καταστροφή διατέθηκαν μοναστηριακά ακίνητα για την αποκατάσταση αγροτών και προσφύγων. Η κομβική πράξη απαλλοτρίωσης, που οδήγησε στην εκχώρηση του μεγαλύτερου μέρους της εκκλησιαστικής περιουσίας έγινε το 1939, ενώ ο επόμενος σταθμός ήταν το 1952 όταν υπογράφηκε η σύμβαση παραχώρησης των τεσσάρων πέμπτων της αγροτολιβαδικής περιουσίας των Μονών.

Παράλληλα με αυτές τις παραχωρήσεις – απαλλοτριώσεις, το 1945 ήταν η χρονιά που προβλέφθηκε πλέον ρητά και ξεκάθαρα για πρώτη φορά η μισθοδοσία των εφημέριων από το Δημόσιο. Σε αντιστάθμισμα της δαπάνης αυτής επιβλήθηκε με τον ίδιο νόμο η υποχρεωτική είσπραξη του 25% των τακτικών εσόδων των ενοριακών ναών από το Δημόσιο και η υποχρεωτική ετήσια εισφορά όλων των ορθόδοξων οικογενειών στην ενορία τους.

Από τους νόμους του 1939, του 1945 και του 1952 όμως έχουν μείνει αρκετές ουκ ολίγες «γκρίζες ζώνες» τόσο ως προς το σημερινό ύψος και την αξία της εκκλησιαστικής περιουσίας, όσο και την πραγματική «οφειλή» του Κράτους στην Εκκλησία. Το γεγονός ότι το Κτηματολόγιο δεν έχει ολοκληρωθεί, όπως επίσης και το ότι οι παλαιές εμβαδομετρήσεις δεν είναι ακριβείς και το ότι δεν υπάρχουν ξεκαθαρισμένοι τίτλοι (σε πολλές περιπτώσεις οι Ιεράρχες επικαλούνται ακόμη αυτοκρατορικά χρυσόβουλα), αφήνουν ντε φάκτο ανοιχτά ερωτήματα για το ποια θα είναι η τελική βάση εφαρμογής της συμφωνίας μεταξύ του πρωθυπουργού και του αρχιεπισκόπου.

Σήμερα πάντως, μισθοδοτούνται από το Κράτος περισσότεροι από 8.500 ιερείς σε όλη τη χώρα, ενώ με βάση τα στοιχεία του 2017 το μισθολόγιό τους έχει ως εξής:
Ο Αρχιεπίσκοπος έχει μηνιαίες αποδοχές 2.600 ευρώ, ο Μητροπολίτης και Τιτουλάριος Μητροπολίτης έχει μισθό 2.210 ευρώ, ενώ ο τιτουλάριος Επίσκοπος και βοηθός Επίσκοπος παίρνει 1.820 ευρώ. Επίδομα 75 ευρώ παίρνουν οι κάτοχοι διδακτορικού διπλώματος και 40 έως 45 ευρώ οι κάτοχοι μεταπτυχιακού.

Σε ό,τι αφορά τις αμοιβές των κληρικών, 678 ευρώ ο πρωτοδιοριζόμενος ιερέας πανεπιστημιακής εκπαίδευσης, 1.032 ευρώ με 10 χρόνια προϋπηρεσία, 1.410 ευρώ με 30 χρόνια προϋπηρεσία. Ο πρωτοδιοριζόμενός κληρικός απόφοιτος μέσης εκπαίδευσης παίρνει 644 ευρώ, ενώ ο αντίστοιχος ιερέας με 30 έτη προϋπηρεσίας παίρνει 1.099 ευρώ.