Απαγορεύει για 9 μήνες το υπουργείο Περιβάλλοντος την έκδοση οικοδομικών αδειών, καθώς και εργασιών στον υγροβιότοπο της Αγίας Τριάδας στα Μέγαρα. Η περιοχή δέχεται πολλές απειλές με τελευταία την κατασκευή εργοστάσιου πίσσας για τις ανάγκες έργων στους αυτοκινητόδρομους.

Επιπλέον, σύμφωνα με ρεπορτάζ της εφημερίδας «Ελευθεροτυπία», σχεδιάζεται από την αεροπορία το μπάζωμα 300 στρεμμάτων στον αβαθή όρμο για τις ανάγκες του αεροδρομίου της Πάχης.

Η περιοχή χαρακτηρίζεται ως ένας από τους σημαντικότερους βιότοπους. Σύμφωνα με παλαιότερες αλλά και πρόσφατες μελέτες, αποτελεί μοναδικό καταφύγιο πτηνών στην Αττική, όπως ο λευκοτσικνιάς. Καταγράφηκαν 127 είδη πτηνών, γεγονός που δείχνει την ιδιαίτερη αξία του στο μεταναστευτικό ταξίδι των πουλιών.

Ο υγροβιότοπος της Αγίας Τριάδας, ωστόσο, δεν έχει ενταχθεί στο δίκτυο προστατευόμενων περιοχών, αλλά χαρακτηρίζεται ζώνη υποδοχής εγκαταστάσεων μέσης όχλησης. Τα σχέδια για την κατασκευή μονάδων παραγωγής ρεύματος έχουν κινητοποιήσει από το 2006 τους φορείς της περιοχής και είχαν προκαλέσει την παρέμβαση του Συνηγόρου του Πολίτη, αλλά και τις επερωτήσεις του βουλευτή Θ. Λεβέντη, που εισέπρατταν μόνον «θα» από το τότε υπουργείο ΠΕΧΩΔΕ. Μάλιστα, την ίδια περίοδο άλλες αρμόδιες υπηρεσίες είχαν υποδείξει την τοποθεσία Αρμύρες – Λάκκα, μέσα στον υγροβιότοπο, ως περιοχή μετεγκατάστασης των βυρσοδεψίων που λειτουργούν στην περιοχή του Ρέντη!

Η Ορνιθολογική Εταιρεία, αλλά και το ελληνικό τμήμα του WWF έχουν ταχθεί υπέρ της ένταξης του βιότοπου στις προστατευόμενες περιοχές. Στις πρόσφατες εξαγγελίες της Τίνας Μπιρμπίλη για την αναβάθμιση της Αττικής, το Βουρκάρι έχει ενταχθεί στο πρόγραμμα ανάδειξης των οικοτόπων, μαζί με τον Σχινιά, την Βραώνα, την Ψάθα, τις λίμνες Βουλιαγμένης και Κουμουνδούρου. Ο Οργανισμός Αθήνας εκπονεί μελέτη για την ανάδειξη της περιοχής.