Την απεμπλοκή της Νέας Δημοκρατίας από το σκάνδαλο της Μονής Βατοπεδίου, ενόψει της Εξεταστικής Επιτροπής για το θέμα, επιχείρησε ο ηγούμενος Εφραίμ, μιλώντας στον Αλέξη Παπαχελά και στην εκπομπή του ΣΚΑΪ Νέοι Φάκελοι. Όπως είπε ο ίδιος: «Την ανταλλαγή ακινήτων για την κυριότητα της Βιστωνίδας την επέβαλαν οι φορείς και δεν έχει σχέση η τότε κυβέρνηση».

Απαντώντας για τις σχέσεις του με τον τέως πρωθυπουργό Κ. Καραμανλή, και για την επίσκεψη και διανυκτέρευση του στη Μονή Βατοπεδίου το καλοκαίρι του 2006,ο Εφραίμ υποστήριξε ότι «δεν είχαμε στενή σχέση με τον Καραμανλή μια φορά τον είδαμε, συζητήσαμε μαζί του αλλά δεν είχαμε περισσότερη σχέση, μιλήσαμε πνευματικά. Ήρθε όπως όλοι οι άνθρωποι και του ζήτησα να κάνουμε ένα ίδρυμα που θα περιλαμβάνει κέντρο απεξάρτησης ναρκομανών και γηροκομείο».

Αναφερόμενος δε στην εμπλοκή του στενού συνεργάτη του κ. Καραμανλή, Γιάννη Αγγέλου, ο ηγούμενος της Μονής Βατοπεδίου ισχυρίστηκε ότι υπήρχε ανάλογη βοήθεια από τον στενό συνεργάτη του τότε πρωθυπουργού αλλά και από τον πρώην υπουργό Επικρατείας Θόδωρο Ρουσόπουλο για τον οποίο αναφέρει ότι διατηρούσαν μόνο φιλική σχέση.

Για τα 45 εκατ. ευρώ που χρειάστηκαν για την αναστήλωση της Μονής, που ανέλαβε σχεδόν ερειπωμένη ο Εφραίμ, ο ηγούμενος αναφέρει ότι βρέθηκαν χάρη σε κρατικές και κοινοτικές επιχορηγήσεις.

«Μετά από 1,5 χρόνο αποφάσισα να μιλήσω. Διάφοροι κατόρθωσαν να πείσουν το λαό ότι ο μοναχός έρχεται εδώ για να κάνει χρήματα. Όχι δεν έρχεται γι’ αυτό. Έρχεται για να διακονήσει το λαό», κατέληξε ο Εφραίμ.