Η πλειοψηφία (3 άτομα) του Ποινικού Τμήματος τάχθηκε υπέρ της επανάληψης της δίκης των 6, καθώς έχουν αποκαλυφθεί νέα άγνωστα γεγονότα και αποδείξεις σύμφωνα με τα οποία οι έξι ήταν αθώοι.

Συγκεκριμένα, οι τρεις ανώτατοι δικαστές που συγκρότησαν την πλειοψηφία επικαλέσθηκαν ένα τηλεγράφημα του Ελ. Βενιζέλου με το οποίο ζητούσε να μην γίνει η εκτέλεση, μία ομιλία του στην Βουλή καθώς και μία επιστολή στην οποία υποστήριζε ότι οι εκτελεσθέντες δεν ήταν προδότες.

Η μειοψηφία (2 άτομα) πρότεινε να απορριφθεί η αίτηση επανάληψης της δίκης, υποστηρίζοντας ότι τα στοιχεία που προσκομίστηκαν δεν θεμελιώνουν την βασιμότητα της επανάληψης της δίκης των 6.

Στον Άρειο Πάγο αίτηση επανάληψης της δίκης υπέβαλε στις 20 Ιανουαρίου του 2008 ο Μιχάλης Πρωτοπαπαδάκης, εγγονός του Πέτρου Πρωτοπαπαδάκη. Ο Αθαν. Κονταξής υποστήριξε ότι εσφαλμένα παραπέμφθηκε το ζήτημα στην Ολομέλεια λόγω της διαφοράς μιας ψήφου, καθώς αυτό ισχύει μόνο στις περιπτώσεις των αναιρέσεων και όχι για τις αιτήσεις επανάληψης των δικών. Κατά συνέπεια ισχύει η απόφαση του Τμήματος που έχει ταχθεί υπέρ της επανάληψης της δίκης. Αν λοιπόν η Ολομέλεια υιοθετήσει την εισαγγελική πρόταση, θα επαναληφθεί η δίκη μετά από 87 χρόνια με στόχο την ιστορική αποκατάσταση των καταδικασθέντων.

Το 1922 μετά την Μικρασιατική Καταστροφή εκδηλώθηκε στρατιωτικό κίνημα υπό τους συνταγματάρχες Πλαστήρα και Γονατά και τον αντιπλοίαρχο Φωκά, που προκάλεσε την παραίτηση της κυβέρνησης Τριανταφυλλάκου και του Βασιλιά Κωνσταντίνου (14 Σεπτεμβρίου 1922) υπέρ του υιού του Γεωργίου Β’.

Στη συνέχεια, συγκροτήθηκε στην Αθήνα Επαναστατική Επιτροπή, η οποία έκανε εκτεταμένες συλλήψεις αντιβενιζελικών πολιτικών. Σε διαδήλωση 100.000 ανθρώπων στην Πλατεία Συντάγματος, στις 9 Οκτωβρίου, ζητήθηκε η εκτέλεση των υπευθύνων της τραγωδίας.

Οι Πάγκαλος, Οθωναίος, Χατζηκυριάκος αλλά και ο Αλέξανδρος Παπαναστασίου απαίτησαν εκτελέσεις. Οι Πλαστήρας, Δαγκλής, Γονατάς θέλησαν κανονική δίκη. Οι δύο πλευρές συμβιβάστηκαν και αποφασίστηκε η ίδρυση Εκτάκτου Στρατοδικείου.

Επικεφαλής της ανακριτικής επιτροπής ανέλαβε ο υποστράτηγος Θεόδωρος Πάγκαλος. Με το πόρισμα της Επιτροπής (24 Οκτωβρίου), παραπέμφθηκαν να δικαστούν στο Έκτακτο Στρατοδικείο με την κατηγορία της εσχάτης προδοσίας οκτώ πρόσωπα, που έπαιξαν πρωταγωνιστικό ρόλο την περίοδο 1920-1922, οι:

Δημήτριος Γούναρης, 59 ετών, πρώην πρωθυπουργός,

Πέτρος Πρωτοπαπαδάκης, 68 ετών, πρώην πρωθυπουργός,

Νικόλαος Στράτος, 50 ετών, πρώην πρωθυπουργός,

Νικόλαος Θεοτόκης, 44 ετών, υπουργός Στρατιωτικών στην Κυβέρνηση Πρωτοπαπαδάκη,

Γεώργιος Μπαλτατζής, 56 ετών, υπουργός Εξωτερικών στις κυβερνήσεις Γούναρη, Πρωτοπαπαδάκη,

Ξενοφών Στρατηγός, υποστράτηγος, ε.α., 53 ετών, υπουργός Συγκοινωνιών στην κυβέρνηση Γούναρη,

Μιχαήλ Γούδας, υπονάυαρχος ε.α., 54 ετών, υπουργός Εσωτερικών στην κυβέρνηση Γούναρη,

Γεώργιος Χατζηανέστης, αντιστράτηγος, 59 ετών, Αρχιστράτηγος Μικράς Ασίας και Θράκης.

Η δίκη διεξήχθη από τις 31 Οκτωβρίου έως τις 15 Νοεμβρίου 1922 στην Παλαιά Βουλή. Το Στρατοδικείο παμψηφεί επέβαλλε στους μεν Γεώργιο Χατζηανέστη, Δημήτριο Γούναρη, Νικόλαο Στράτο, Πέτρο Πρωτοπαπαδάκη, Γεώργιο Μπαλτατζή και Νικόλαο Θεοτόκη την ποινή του θανάτου και στους Μιχαήλ Γούδα και Ξενοφώντα Στρατηγό την ποινή των ισοβίων δεσμών. Διέταξε την στρατιωτική καθαίρεση του αρχιστράτηγου Γεωργίου Χατζηανέστη, του υποστράτηγου Ξενοφώντος Στρατηγού και του υποναυάρχου Μιχαήλ Γούδα, ενώ τους επέβαλε και χρηματικές ποινές.

Αμέσως μετά, ο επαναστατικός επίτροπος Νεόκοσμος Γρηγοριάδης μετέβη στις φυλακές Αβέρωφ, όπου κρατούντο οι έξι και τους ανακοίνωσε την καταδικαστική απόφαση και ότι η εκτέλεση θα γινόταν σε δύο ώρες. Δύο φορτηγά τους παρέλαβαν και τους μετέφεραν στο Γουδή, όπου εκτελέστηκαν.